十二个殖民星全部都被摧毁了，但是现在赛隆人再次发动了战争。十二殖民地的人们制造出了智能的、Battlestar Galactica Online太空堡垒卡拉狄加Online官网，拥有自由意志的赛隆机器人，他们试图带领残存的人类回到传说中的地球。赛隆人追杀这些残余的人类，在他们一次大规模的进攻中，两方的超光速引擎(FTLdrive)都出了差错，导致舰队进入了一个未知的星域。现在他们必须争夺短少的资源来修复他们严重受损的舰队，殖民地人试图逃离追杀，而赛隆人希望能一举消灭残余的人类。[4]在电视剧中，Battlestar Galactica Online太空堡垒卡拉狄加Online官网人类的Viper MK II战机没有超光速引擎，但在游戏中由于人类在星域DeltaCanopis中找到了一个被遗弃的军事基地，所以在游戏中所有的战机都被装上了从基地里找到的超光速引擎。这也解释了为什么游戏中人类一方里出现了许多本来在剧中没有的飞船。这场战争在四十年前因为赛隆人提出的停战协议而暂时停止，只有战星银河号和飞马号带领的平民舰队逃过一劫，但是赛隆人最终背叛了人类并发起了战争。游戏以新版的《太空堡垒卡拉狄加》电视系列剧为故事背景，这次殖民地完全的输给了赛隆人。
前哨舰的火力与装甲都十分优良，一艘前哨舰就会被派遣过来进驻星区，因此前哨舰对于发动攻势或防守星区都相当重要。玩家可以透过己方的前哨舰进行补给与维修，如果一方阵营在一个星区的活动总量够大的话，但是他还是可以被摧毁，同时一个星区是可以同时被两方的哨舰进驻的。若是玩家的舰艇不幸在战斗中被击毁，Battlestar Galactica Online太空堡垒卡拉狄加Online官网，但他必须透过一个邻近的前哨舰(或者阵营的基地)才能回到战场上，那么他会由于搜索与救援(人类)或复活(赛昂人)而重生。
