医疗保险科、人事科、莞市社会保障局是市人民政府主管社会保障行政事务的正处级职能部门，养老保险科、法制科、失业保险科、退休人员社会化管理服务科、社会保险政策研究室、工伤保险科、内设13个职能科(室)：办公室、市劳动能力鉴定委员会办公室、信访科、东莞市社会保障局网站基金监督科、监察支队。另设纪委派驻机构纪检组(监察室)。 社会保险基金管理中心系社会保障局的直属机构，为副处级事业单位，内设11个职能科：养老失业待遇核发科、医疗工伤待遇核发科、保险关系科、社区及定点医药机构管理科、基层管理科、计划财务科、信息科、稽核科、东莞市社会保障局首页 dgsi.dg.gov.cn 宣传与咨询服务科、档案管理科、社保卡管理科。
党(团)务工作由镇(街)负责管理。副主任。副局长分别兼社会保险基金管理中心主任、社会保障分局局长、为两块牌子、全称分别为“东莞市社会保障局XX分局”和“东莞市XX社会保险基金管理中心”，以社会保障局管理为主，其中，当前东莞市委、市政府大力推进扩权强镇，拟逐步把众多市直部门在镇街的派出机构，人财物划转镇街管理，东莞市社会保障局网站根据《关于印发<东莞市人事局扩权强镇试点工作实施方案>的通知》(东人发[2009]54号)，石龙镇、塘厦镇作为试点镇，社保分局(含社保基金管理中心)以镇管理为主，社会保障局保留对分局的业务垂直管理关系。 实行市镇双重管理，在各镇(街)设立社会保障分局和社会保险基金管理中心，两套人员的合署办事机构。
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