南京海纳拥有位于新模范马路、江浦和中山科技园3处研发中心，研发面积约5000平方米，总投资超过2亿元，拥有完整的药品研究开发设备仪器及管理体系。设立了项目管理部、质控与设备部、合成研究室、分析研究室、制剂研究室、临床研究部、医学部、药理部、生物分析测试平台等一整套研发部门，并设有政府事务部、法务部、财务部、采购中心、行政部、人事部、市场部等职能与支撑部门，体系清晰，功能完备。目前拥有一支130余人专业的研发团队。
其中，固体制剂片剂和冻干粉针剂车间分别于2015年6月、9月通过了GMP认证。南京海纳制药有限公司成立于2013年，为南京海纳医药科技股份有限公司的全资子公司，占地面积70亩，建筑面积27000平方米，具有现代化水平的固体制剂车间、冻干粉针剂车间、凝胶剂与软膏剂车间及高附加值原料药车间。
海纳制药积极参与MAH制度，作为受托生产企业，借助母公司的医药研发能力和海纳制药生产设备和管理水平，为持有人提供药品开发生产服务。海纳制药主要聚焦于胃肠道药物、中枢神经药物及外用药领域，依托母公司的技术创新及产品研发能力，具有多个具有良好市场潜力的管线品种。
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