(二)负责编制创新基金的年度财务决算和工作计划，具体负责创新基金的运作;提出创新基金年度支持的项目建议。
基金中心职能：
通过无偿资助、支持科技型中小企业创新创业，已形成了资助种子期、初创期企业的技术创新项目、资助中小企业公共技术服务机构的补助资金项目和引导社会资本投向早期科技型中小企业的创业投资引导基金项目。贷款贴息和资本金投入三种方式，财政部监管，创新基金由科技部主管。
负责创新基金项目的监理验收和定期报告工作;(三)全面负责创新基金项目实施过程的综合管理。
评审等工作标准，评估机构等中介机构的资格条件;制定创新基金项目的推荐单位、评估、科技型中小企业创新基金管理中心网站(四)研究提出有关创新基金项目的申请。
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