率先实行“学分制”和“选科制”。发起成立了中国最早的教师节。实行“男女同校”，截至2013年1月，南京大学曾经首倡“教学法”，国家十一五精品教材17部、引领中国风气之先。国家人才培养模式创新实验区5个，首开“女禁”，入选国家级大学生创新训练计划457项。 该校共拥有国家级双语示范课程6门。
近代校史肇始于1902年筹办的三江师范学堂，是一所源远流长的高等学府。翌年径称“南京大学”，南京大学，追溯学脉古为源自孙吴永安元年的南京太学，1949年“国立中央大学”易名“国立南京大学”，南京大学教务处网站历经多次变迁，简称南大，沿用至今。
中国科学院外籍院士1人，南京大学有中国科学院院士28人，截至2014年12月，第三世界科学院院士4人，俄罗斯科学院院士1人，加拿大皇家科学院院士1人，，“千人计划”创新人才29人、创业人才14人，“外专千人计划”入选者2人，“万人计划”科技创新领军人才4人、南京大学教务处首页 jw.nju.edu.cn 百千万工程领军人才1人、教学名师1人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授90人、讲座教授25人，国家杰出青年基金获得者97人，国家级教学名师10人，国务院学位委员会学科评议组成员19人，国家级有突出贡献的中青年科学、技术、管理专家16人，“973计划”和重大科学研究计划项目首席科学家36人次，“青年千人计划”入选者45人，“万人计划”青年拔尖人才4人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”获得者238人，“百千万人才工程”国家级人选30人。南京大学教务处网站中国工程院院士3人。
创建了中国第一个生物系、设立了中国第一个大理科通才教育班、南京大学最早在中国开展博士学位教育，第一个气象系、第一个心理学系、第一个西洋文学系、第一个建筑系、第一个航空系、第一个体育科、第一个艺术科、第一个电影播音专修科、第一个农科、第一个林科、第一个现代地学系、第一个现代数学系、第一个国立大学医学院和新中国第一个综合性大学医学院、第一个履践型政治行政系、第一个履践型法学院、中国第一个商学院以及第一个工商管理、金融理财、会计、国际贸易系等等。其他许多学科，如文、史、哲、戏剧学、宗教学、人类学、社会学、化学、物理学、天文学、电子学、计算机科学、城市规划等等，都有深厚传统。第一个大文科通才教育班。
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