后隶属华东行政委员会文化部；1954年起，南京博物院国民政府创建国立中央博物院筹备处，1950年3月更名为国立南京博物院，蔡元培先生亲任第一届理事会理事长，在我国近代民主革命家、教育家蔡元培先生的倡议下，李济、杭立武等先后接管筹备处工作。1933年，改属江苏省文化局领导；1959年，南京博物院、江苏省博物馆、江苏省文物管理委员会合署办公，仍名南京博物院。初属文化部文物事业管理局。
东汉“广陵王玺”、“错银铜牛灯”、“鎏金镶嵌神兽铜砚盒”，西晋“青瓷神兽尊”，南京博物院官网（www.njmuseum.com）南朝“竹林七贤与荣启期”模印砖画，明代“釉里红岁寒三友纹梅瓶”等为国宝级文物。此外，“扬州八怪”、“吴门画派”、“金陵画派”、傅抱石、陈之佛等大家的书画藏品成组成系，别具特色。每一品种又自成历史系列，其中，西汉“金兽”，青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、南京博物院官网竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等文物品类一应俱有，战国“错金银重烙铜壶”、“郢爰”，成为数千年中华文明历史发展最为直接的见证。新石器时代“玉串饰”，南京博物院现拥有各类藏品42万余件（套）。
1936年动工，筹备处原拟建人文、工艺、自然三馆，修改为仿辽代大殿建筑。1937年因抗战爆发而停建，至50年代初仅建成人文馆。1999年在大殿西侧新建的艺术馆则延续了原有建筑形式。由当时著名的建筑师徐敬直设计，后在梁思成、刘敦桢先生指导下。
