上航公司组织机构由15个内设机构和2家所属单位组成。上航公司下辖商飞软件有限公司、上海航宇科普中心2家单位。内设机构包括4个业务平台、3个任务部门和8个管理部门。
2013年，为进一步深化上航公司改革调整、完善职能定位，加快中国商飞公司服务支援平台建设，在上航公司改革调整的基础上，整合信息化、审计、质量审核、标准化、工业工程、情报、档案等相关职能，组建中国商飞公司基础能力中心，后陆续新增了产品安全与事件调查、数据管理等业务职能。上航公司原名上海航空工业公司，成立于1984年，1992年按国有独资公司改制为上海航空工业（集团）公司，1999年更名为上海航空工业（集团）有限公司。2008年5月11日，作为实施大型客机项目主体和统筹干支线飞机发展、实现我国国产商用飞机产业化主要载体的中国商飞公司在上海成立，上航公司根据国家统一部署，对原有民机研发制造职能进行调整后，整建制划入中国商飞公司。
上海航空工业（集团）有限公司（以下简称：上航公司）系中国商飞公司全资子公司，为中国商飞公司型号研制和发展建设提供基础支持和能力保障。
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