中美海洋遥感及渔业信息研究中心、上海海洋大学官网，海洋药物系统及神经科学研究所、海洋渔业遥感GIS技术实验室、海洋药物与健康食品研究所、下设数字海洋研究所、海洋政策与法律研究所，学校建有上海海洋大学海洋科学研究院，海洋文化研究中心等研究机构。建有外国语言研究所、中国鱼文化研究所、鲸馆、上海海洋大学官网·首页水生生物科技馆、校史馆、三史馆、大学生校园文化展示馆，拥有国内外闻名的鱼类研究室、标本室。拥有现代化的校园网络，建有服务我国水产行业的中国水产网。学校图书馆现有纸质图书约132万余册，电子图书约88万余册，数据库40余个，馆藏资源突出学校的海洋、水产、食品特色。由学校承办的《水产学报》、主办的《上海海洋大学学报》被列为中文核心期刊、上海海洋大学官网，中国科技核心期刊和中国科技论文统计源期刊，《水产学报》获 “百种中国杰出学术期刊”称号。学校是上海市水产学会、上海市食品学会、上海市渔业经济研究会和上海市延安精神研究会挂靠单位。海洋生态系统与环境实验室、
文、管、法等多学科协调发展，培养具有国际视野的创新型复合人才，教学科研并重，国际化、开放型的高水平特色大学。 水产、理、经、把学校建设成为一所国际知名的海洋、农、食品等学科优势明显，工、新时期的学校办学目标：到2020年。
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