省委组织部、省科技厅等部门认定了山东省首批综合院士工作站4个（山东鑫秋农业科技股份有限公司、山东省农业机械科学研究院、中国科学院青岛生物能源与过程研究所、鑫秋种子海尔集团），公司是4 家之一。2014年10月，公司还与中国农业科学院植物保护研究所、农业部规划设计研究院、中国棉花研究所、山东棉花研究中心、山东省棉技站、山东农业大学、河北农业大学等科研院所建立了长期合作关系。公司现有“山东省开放式植物组培工程技术研究中心”、“山东省鑫秋种业科技院士工作站”、鑫秋种子官网（www.sdxqny.com）“山东省企业技术中心”、“山东省植物细胞组织培养工程研究中心”、“山东省优质棉产业技术创新战略联盟”、“德州市鑫秋棉花研究所”等科技研发机构和平台。
公司在山东省重大科技专项项目中组装配套的“6—1式抗虫杂交棉麦棉两熟双高产组装技术”获得山东省科技成果鉴定并从全国1771个项目中脱颖而出，2006年参与完成的2000万亩国产转基因抗虫棉配套栽培技术研究及推广应用项目获农业部农牧渔业丰收一等奖。获得科技部举办的首届“中国农业科技创新创业大赛”优秀奖。公司先后承担了国家转基因生物新品种培育重大专项项目、科技部火炬计划项目、科技部星火计划项目、科技部农业科技成果转化项目、科技部“渤海粮仓”科技示范工程项目、农业部棉花良种繁育及加工基地建设项目、山东省自主创新成果转化重大专项项目、山东省科技发展计划项目、山东省农业科技成果转化资金项目、山东省发改委第一批战略性新兴产业重点项目等十多项国家和省部级项目。
8万亩良种繁育基地，鑫秋种子官网公司现有13个良繁农场，公司全程使用国内国际先进加工设备，实现了种子加工全程机械化，年加工包衣棉种能力1000万公斤。并率先采用了英国布勒公司种子色选机种子色选技术，这也是黄河流域唯一一台在棉花种子上使用的进口色选机。试验基地1200亩，50亩海南南繁试验站。
