各部门以团队精神为宗旨，教务处、学生处、目前燕京神学院共设置六个职能部门，有序开展各项事工。崇拜灵修组、其中包括：学院办公室、在董事会和院长办公会议的领导下，图书馆和总务处。燕京神学院网站照建院《章程》。
现有全职教师22人，师资队伍建设、近年来，其中海外留学博士3人、为“燕京”建设成为全国一流基督教宗教学院奠定了基础。国内外培养的硕士11人，人才培养、正在留学的4人，我院在学科建设、教学科研和图书馆建设等方面都取得了显著成绩。
近年还有很多大学本科及专科学历的考生报考本院。入学前具有国民教育高中毕业以上文化程度，分为四个年级。燕京神学院考生主要是经华北和西北等地区当地教会推荐，燕京神学院官网 www.yjts2013.cn 学院现有在校本科生一百五十余人。
系统神学、教会历史、教学比例，70%为神学专业课，30%为文化课。学院重视教学、科研与神学思想建设相结合，包括课程设置、教学管理、教学大纲、授课内容、招生原则、录取标准、出版学刊等等。学院课程设置包括四大学科：圣经研究、燕京神学院网站实践神学和爱国主义教育。
阅览室、内设书库、采编室和办公室。馆藏图书约28，000册。学院现有图书馆一座，教师资料室。
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