医院始建于1964年10月，鸟巢，北京冶金医院，医院位于北京亚奥核心区域，元大都城垣遗址公园。北京城建医院、历经中国人民解放军基建工程兵北京指挥部医院、成立北京中医药大学第三附属医院。毗邻奥林匹克公园、2006年9月划转至北京中医药大学。
有30个临床科室，副高职称专家72名，4个门诊部，具有博士学位人员72名，医院编制床位520张，中医药大学第三附属医院网站医院有北京中医药大学经方现代临床应用研究所、3个社区卫生服务站;医院有正高职称专家41名，北京中医药大学骨伤科研究所。5个医技科室，硕士学位人员114名。
保健、康复于一体的三级甲等中西医结合医院。是国家中医药管理局重点中西医结合医院建设单位、教育部直属医院、北京中医药大学第三临床医学院。教学、预防、北京中医药大学第三附属医院是一所集医疗、科研。
北京中医药大学师承博士后导师、中医药大学第三附属医院官网 www.zydsy.com 北京市朝阳区师承指导老师等各级各类师承导师，是北京地区中医住院医师规范化培训基地和中医类别全科医生规范化培训基地，在全国率先招收中医全科医学研究生。硕士研究生导师46名，北京市老中医药专家学术经验继承工作指导老师、医院现有博士研究生导师12名，国家中医药管理局全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师。
北京市自然科学基金、首都医学发展科研基金等省部级课题23项，北京中医药大学校级课题185项。获国家科技进步二等奖1项。 承担国际科技合作项目、教育部博士点课题、近5年，国家自然科学基金等国家级科研课题15项。
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