1996年医院挂牌全国专科疾病北京中医药治疗中心，2011年启动了博士后工作流动站工作。1994年，遵循国家中医药发展战略，医院与北京中医药大学实现合作，成为北京中医药大学附属中西医结合医院。2016年医院成为国家中医药管理局第三批重点中西医结合医院，m2016年11月，通过三级中西医结合医院等级评审，实现了医院跨越式发展。1989年纳入全国第一批中西医结合医院，获批更名为北京市中西医结合医院。 北京中西医结合医院始建于1952年，地处长安街沿线，西四环外200米，位于北京市海淀区永定路东街3号，原名北京市第二疗养院;1956年迁至现址，1959年7月改名为北京市永定路医院。
建设中的综合楼建筑面积4.3万m2，编制人员1200人，编制床位600张。北京中医药大学附属中西医结合医院总占地面积28亩，建筑面积3.3万m2。医院开放床位402张，现日均门急诊量2200余人次,年门诊量55万余人次，年出院病人6000余人次。目前正在进行改扩建，暂分南北两院区运营。
经过60多年砥砺前行，北京中西医结合医院发展成为一所集医疗、教学、科研、康复为一体，以中西医结合为特色的中西医结合医院。医院拥有重点专科肾内科;北京市级重点专科脑病科、护理专科，市重点学科心内科，北京基层中医药学科团队基地针灸科;海淀区重点专科针灸科、重点学科肾内科、脑病科、针灸科、口腔科、品牌科室脑病科。
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