临床与基础试题开发处、中心现内设机构9个：党政办公室（纪检监察室）、全科与医技试题开发处、国家医学考试中心是国内最早建立的全国性专业考试机构之一，财务资产处、公卫与药学试题开发处、信息技术处。口腔与护理试题开发处、研究评价处、是经中央编办批准成立的国家卫生健康委员会直属事业单位。国家医学考试网，考务管理处。
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