实现货物“一线”放开，其他货物及物品免(保)税进入，除国家法律、人员进出高度便利，合作区着力构建与澳门一体化高水平开放的新体系，建立高度便利的市场准入制度，行政法规明确规定不予免(保)税的货物及物品外，促进国际互联网数据跨境安全有序流动，“二线”管住，实现与澳门人流、物流、资金流、信息流等高效便捷流动。创新跨境金融管理。
国务院于2021年9月5日正式公布《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》，习近平总书记强调要“加快横琴粤澳深度合作区建设”。其中，横琴粤澳深度合作区，横琴粤澳深度合作区网站中共中央、总面积约106平方公里。明确横琴粤澳深度合作区实施范围为横琴岛“一线”和“二线”之间的海关监管区域，在2020年10月14日，横琴与澳门特别行政区之间设为“一线”;横琴与中华人民共和国关境内其他地区之间设为“二线”。
丰富‘一国两制’实践的新示范、国家赋予合作区“促进澳门经济适度多元发展的新平台、围绕“促进澳门经济适度多元发展”这条主线，推动粤港澳大湾区建设的新高地”四大核心战略定位。合作区设定三个阶段性发展目标，其中到2035年，“一国两制”强大生命力和优越性全面彰显，合作区经济实力和科技竞争力大幅提升，公共服务和社会保障体系高效运转，横琴粤澳深度合作区官网 www.hengqin.gov.cn 琴澳一体化发展体制机制更加完善，促进澳门经济适度多元发展的目标基本实现。合作区着力发展促进澳门经济适度多元的新产业，聚焦发展科技研发和高端制造产业、中医药等澳门品牌工业、文旅会展商贸产业和现代金融产业，对符合条件的产业企业按15%的税率征收企业所得税，对在合作区工作的境内外高端人才和紧缺人才，其个人所得税负超过15%的部分予以免征。便利澳门居民生活就业的新空间。
医疗、加快推进“澳门新街坊”建设，合作区着力建设便利澳门居民生活就业的新家园，社会服务等民生公共服务和社会保障体系，推动全面放开澳门机动车便利入出合作区，推进基础设施互联互通，横琴粤澳深度合作区网站有效拓展澳门居民优质生活空间。对接澳门教育。
统筹决定合作区重大规划、建立合作区开发管理机构，合作区着力建立健全粤澳共商共建共管共享的新体制，重大政策、重大项目和重要人事任免，组建合作区开发执行机构，管理委员会下设执行委员会，履行国际推介、招商引资、产业导入、土地开发、项目建设、民生管理等职能，做好属地管理，合作区上升为广东省管理。成立广东省委和省政府派出机构，集中精力抓好党的建设、国家安全、刑事司法、社会治安等工作，履行好属地管理职能，积极主动配合合作区管理和执行机构推进合作区开发建设。 粤澳双方联合组建合作区管理委员会。
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