2006 年，学校被批准为硕士学位授予单位。2009年，学校被教育部评为“高等学校本科教学工作水平评估优秀单位”。学校现具有学士、硕士两级学位授权体系。1995年9月，学校迁入牡丹江市，结束了近 40 年农村办学的历史。2001年，学校顺利通过教育部本科教学工作合格评估。牡丹江师范学院始建于1958年，历经东北农学院嫩江分院（1958年—1964年）、北安师范专科学校（1964年—1965年）、宁安师范专科学校（1965 年—1970年）和牡丹江师范学院（1970年至今）四个发展阶段，是全国首批学士学位授予单位。经过六十余年的发展，学校已成为黑龙江省东南部地区规模最大、综合实力最强的省属本科院校，是黑龙江省基础教育研究中心之一。牡丹江师范学院图书馆——欢迎你。
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