2010年3月，浙江树人大学成立了民办高等教育研究所， 中国民办高等教育研究院是在浙江省民办高等教育研究所和浙江树人大学民办高等教育研究所的基础上成立的。在浙江省工商行政管理局登记注册，因浙江省高等教育学会民办高等教育专业委员会的设置而成立了浙江省民办高等教育研究所，为独立研究中介机构。在在浙江省民办高等教育研究所和浙江树人大学民办高等教育研究所的基础上整合资源建立了中国民办高等教育研究院。2001年12月，为适应民办高等教育发展的需要，2000年9月8日。
是中国高等教育学会唯一的中国民办高等教育研究基地，是中国高等教育学会民办高等教育研究协作组组长单位和全国优质民办高校211协作会联络处。民办高校院校改革与发展研究所、正在筹建的有民办高校财政与经费研究所和中外私立高等教育比较研究所。中国民办高等教育研究院以浙江省重点学科（A）高等教育学学科为依托，目前，研究院建有民办高等教育政策与管理研究所、民办高校立法与法制化建设研究所和高等教育科学计量学研究所等四个研究所。
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