全国中小企业股份转让系统有限责任公司为其运营机构，于2012年9月20日在国家工商总局注册，2013年1月16日正式揭牌运营，注册资本30亿元。全国中小企业股份转让系统依据证券法设立的继上交所、深交所之后第三家全国性证券交易场所，也是我国一家公司制运营的证券交易场所。
全国股转公司主要职能包括：提供证券交易的技术系统和设施；制定和修改全国股转系统业务规则；接受并审查股票挂牌及其他相关业务申请，安排符合条件的公司股票挂牌；组织、监督证券交易及相关活动；对挂牌公司及其他信息披露义务人进行监管；对主办券商等全国股转系统参与人进行监管；管理和公布全国股转系统相关信息；中国证监会批准的其他职能。公司建立了党委会、股东会、董事会、监事会和经营管理层，正新农贷贷款平台官网形成了党委领导下的“三会一层”的治理结构。
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