下设14个职能科、人才科、组织一科、组织二科、组织三科、党员教育中心、大学生村官管理科、旗直机关工委办公室、非公经济和社会组织党工委办公室和党建办秘书科。 核定领导职数2正4副。干部教育科、中共准格尔旗委组织部是旗委主管党的组织和干部工作的主要职能部门，准格尔旗党建网考核科、干部科、中心，干部监督科、室、分别为办公室。
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