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根据上述职责，省教育厅（省高校工委）设20个内设机构：
（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案、财务、资产等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、督查督办、政务协调、新闻发布等工作。
（二）法规处（行政审批办公室）。研究教育改革与发展战略并就重大问题进行政策调研；起草教育事业地方性法规和省政府规章草案；承办全省教育系统法制建设和依法行政的有关工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，承担有关行政复议和行政应诉工作。根据国家关于教育事业的方针、政策和法律、法规，负责全省教育行政方面有关行政审批事项的受理和审批工作；负责组织协调行政审批事项的勘查、论证、审核和上报等相关工作；负责有关行政许可证的发放工作；负责行政审批专用章的使用管理；负责行政审批事项的行政复议和行政应诉；负责法律、法规、规章规定由教育行政部门承担的其他行政审批事项。
（三）发展规划处。拟订教育事业发展规划；承担省属高等学校管理体制改革的有关工作；会同有关部门拟订高等教育招生计划；会同有关部门拟订各级各类学校设置标准的实施办法；会同有关方面研究提出高等学校设置、撤销、更名、调整等意见；承担教育基本信息统计、分析、上报工作；负责教育系统基本建设工作，会同有关部门拟订各级各类学校建设标准实施办法；承担省属高等学校和直属单位的基建管理工作；承担民办教育的统筹规划、综合协调和宏观管理的有关工作；承担高等学校的安全监督和后勤社会化改革管理工作。
（四）人事处。负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资等工作；承担指导教育系统人才队伍建设工作；规划、指导高等学校教师和教育系统行政干部队伍建设工作；组织实施干部教育培训工作；会同有关部门拟订各级各类学校教职工编制标准实施意见。
（五）高校干部处（高校工委组织部、组织员办公室）。指导高校党的建设。协助省委组织部管理省属本科院校副职和专科（高职）院校正、副职；代省委协助国家有关部委管理在吉林省的直属高校的领导班子和领导干部。指导全省高校党的基层组织建设和党员管理教育工作，统一管理省、部属高校党组织关系及与省教育厅有业务指导关系的民办高校、独立学院的党组织关系。负责高校干部培训工作。
（六）财务审计处。参与拟订全省教育经费筹措、教育拨款、学生资助的政策措施；统计并监测全省教育经费投入和使用情况；负责省属高等学校和直属单位国有资产、预决算、财务管理和内部审计；参与义务教育保障机制经费、有关教育专项经费管理；管理各项教育援助和教育贷款；负责有关工商、税务、财务检查方面的协调工作。
（七）基础教育处。指导基础教育工作。重点推动义务教育均衡发展，规范义务教育学校办学行为，实施素质教育，会同有关方面提出加强农村义务教育的政策措施。拟订基础教育教学基本文件，推进教育教学改革。指导中小学德育教育、幼儿教育、校外教育、安全管理、残疾少年儿童的特殊教育以及工读教育等项工作。指导中小学教学信息化、图书馆和实验设备配备工作。指导和管理中小学教材编写审定工作。
（八）职业与成人教育处。承担职业教育统筹规划、综合协调和宏观管理工作。拟订中等职业教育教学基本要求和教学指导文件；指导中等职业教育教学改革和教材建设工作；负责中等职业学校学籍管理工作；指导中等职业学校教师培养培训工作；会同有关处室指导高等职业教育工作。承担成人教育以及扫除青壮年文盲的宏观指导工作。
（九）高等教育处。承担高等教育教学的宏观管理工作。指导高等教育教学基本建设和改革工作；指导改进高等教育评估工作；拟订高等学校教学指导文件。指导各级各类高等继续教育和远程教育工作。
（十）民族教育处。指导、协调少数民族教育的特殊性工作；统筹规划并指导少数民族的“双语”教育工作；指导中小学生民族团结教育；负责协调对少数民族和少数民族地区的教育援助。
（十一）师范教育处（省语言文字工作委员会办公室）。规划、指导中小学教师队伍建设；指导师范教育教学改革和师资培训工作；指导教师资格制度的实施；组织实施语言文字规范化工作；监督检查语言文字的应用情况；组织推行《汉语拼音方案》，指导推广普通话工作以及普通话师资培训工作；承担少数民族语言文字规范化工作，指导少数民族语言文字信息处理的研究与应用；承办省语言文字工作委员会的日常工作。
（十二）教育督导团办公室。拟订地方教育督导的相关制度和督导指标体系，指导全省教育督导工作；组织对各地中等及中等以下教育、扫除青壮年文盲工作的督导评估和检查验收；发布省政府教育督导报告；组织开展全省基础教育发展水平和质量监测；承担省政府教育督导团的日常工作。
（十三）高校思想政治工作处（高校工委宣传部）。承担高等学校学生与教师的思想政治工作；统筹规划和协调高等学校思想政治理论课教育教学师资培训及学科建设工作；指导高等学校精神文明建设和辅导员队伍建设工作；指导全省高校的理论宣传和形势政策教育工作；负责高校统战工作；负责高等学校网络文化建设与管理工作。承担教育系统新闻电视的指导协调工作。
（十四）高校学生处。承担各类高等学历教育的学籍学历管理工作；指导省以下各级教育行政部门和高等学校开展大学生就业指导和服务工作；参与拟订普通高等学校毕业生就业政策；组织实施国家、省急需毕业生的专项就业计划。
（十五）学校安全处（高校工委群工部）。贯彻执行国家有关学校安全稳定工作的方针、政策和法律、法规；配合有关部门，负责高等学校稳定工作和政治保卫工作，及时反映和处理重大安全突发事件；指导中小学校安全稳定工作；协调并指导学校社会治安综合治理工作和安全文明校园建设工作；指导高校群团工作；指导高等学校保卫干部队伍建设工作。
（十六）科研产业处（省学位委员会办公室）。规划、指导高等学校科学技术和哲学、社会科学研究工作；协调、指导高等学校参与国家、省创新体系建设，协调、指导高等学校承担国家、省科技重大专项等各类科技计划及重大哲学社会科学研究项目的实施工作；指导高等学校科技创新平台的发展建设；指导高等学校教育信息化和产学研结合等工作；协调高等学校和直属单位出版物的监督管理工作。组织实施《中华人民共和国学位条例》；拟订全省学位与研究生教育工作的改革与发展规划；指导与管理研究生培养和学科建设的有关工作；承担国家、省重点学科的建设与管理工作；负责“211工程”、“985工程”的实施和协调工作；承办省学位委员会办公室的具体工作。
（十七）体育卫生与艺术教育处。指导各级各类学校体育、卫生与健康教育、艺术教育、国防教育工作；拟订相关政策和教育教学指导性文件；规划、指导相关专业的教材建设以及师资培养、培训工作；协调大中学生参加国际体育竞赛和艺术交流活动。
（十八）国际合作与交流处。组织指导教育方面的国际合作与交流。负责出国留学、来华留学、中外合作办学、外籍人员子女学校等管理工作；承担教育涉外监管的有关工作；规划、协调、指导汉语国际推广工作；开展与港澳台的教育合作与交流。
（十九）省高校纪工委。负责检查、监督高等学校党组织和党员领导干部遵守党的纪律情况；检查、处理高等学校党组织和党员违反党纪的重大案件；指导高等学校党组织开展党风和廉政建设；领导高校纪委工作；承担高校纪检干部培训工作；协助省高校工委抓好高校领导班子党风廉政建设；向省纪委和省高校工委反映情况，报告工作。
（二十）老干部处。负责机关离退休干部工作，指导直属单位和高等学校的离退休干部工作。直属机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。
截至2011年4月，吉林省教育厅现任领导班子为：
卢连大（高校工委书记、省教育厅厅长）
王青逯（省人民政府教育督导团总督学 正厅长级）
何文博（省纪委、省监察厅驻省教育厅纪检组长、监察专员、高校纪工委书记）
刘勇兵（高校工委副书记、省教育厅副厅长）
战高峰（省教育厅副厅长）
席岫峰（高校工委副书记、省教育厅副厅长）
孙鹤娟（省教育厅副厅长）
孙维杰（省教育厅副厅长）
何肃波（省教育厅副巡视员）
(1)贯彻执行党和国家的教育方针、政策和法律法规；起草地方教育法规、规章，经批准后监督执行。
(2)研究提出教育改革与发展战略和全省教育事业发展规划。拟定教育体制改革的政策以及教育发展的重点、结构、速度，指导并协调实施工作。
(3)统筹管理本部门教育经费，监测各地教育经费筹措和使用情况；会同省有关部门制定筹措教育经费、教育拨款、教育基建投资的办法和原则；按照规定管理国外、国内对我省的各项教育援助和教育贷款；管理香港特别行政区、澳门特别行政区及台湾地区对我省的各项教育捐赠。
(4)研究提出中等和初等教育各类学校的设置标准、教学基本要求、教学基本文件；组织审定中等和初等学校的统编教材；指导中等及中等以下各类学校的教育教学改革；组织对普及九年义务教育、扫除青壮年文盲工作的督导与评估。
(5)统 筹管理普通高等教育、研究生教育以及高等职业教育、成人高等教育、社会力量举办的高等教育、成人高等教育自学考试和继续教育；审核、申报高等学校的设置、更名、撤并与调整；负责审批高等专科学校、高等职业技术学院的设置；指导高等学校教育教学改革和高等教育评估工作。负责“211”工程的实施和协调工作。
(6)统筹管理和指导少数民族教育工作；协调对少数民族地区的教育援助。
(7)主管全省的教师工作；负责全省教师资格认定和管理工作；根据国家颁布的各级各类学校编制标准，制定实施意见；统筹规划各级各类学校教师和管理人员队伍建设。
(8)规划并指导各级各类学校的德育工作、思想政治工作、体育卫生与美育工作、国防教育工作；协调并指导各级各类学校安全文明校园建设工作和社会治安综合治理工作。
(9)指导全省高校党的建设和思想政治工作；会同省委组织部代省委管理省属普通高等学校的领导班子和领导干部，代省委协助国家有关部委管理其在吉林省的直属高等学校的领导班子和领导干部；指导高校党的基层组织建设和党员管理教育工作；指导协调高校的统战、群团工作。
(10)统筹管理各类高等学历教育的招生考试工作；制定各类高等学校和中等专业学校招生政策和招生计划。负责各类高等学校和部分中等专业学校的学籍管理；归口管理高等学校、中等专业学校毕业生就业制度改革，拟定毕业生就业政策，组织实施毕业生的就业分配工作。
(11)规划并指导高等学校的自然科学和哲学、社会科学研究；指导高等学校的高新技术研究、应用与推广、科技成果转化和“产学研”结合等工作；协调指导高等学校承担国家重大科研项目的开发及产业化工作；指导高等学校重点实验室、工程研究中心的发展建设。
(12)负责管理、协调并指导教育系统的外事工作；贯彻出国留学和来华留学管理工作的方针、政策；负责协调同香港特别行政区、澳门特别行政区及台湾地区的教育交流。
(13)负责全省教育信息系统的开发和建设工作；负责教育基本信息的统计、分析、上报和发布；
(14)贯彻执行国家语言文字工作的方针、政策；贯彻国家汉语和少数民族语言文字规范和标准；指导推广普通话和普通话测试工作。
(15)负责实施国家学位制度；承办省学位委员会的有关具体工作。
(16)按照国家统一组织和规定，承办我省与联合国教科文组织开展教育、科技、文化等方面的合作与交流工作。
(17)指导有关教育学会、协会、基金会等社团组织的工作。
(18)承办省委、省政府交办的其他工作。
（一）高等学校毕业生就业管理的职责分工。毕业生离校前的就业指导和服务工作，由省教育厅负责；毕业生离校后的就业指导和服务工作，由省人力资源和社会保障厅负责；毕业生就业政策由省人力资源和社会保障厅牵头，会同省教育厅等部门拟订。
（二）所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。
组建
吉林省教育行政部门正式组建于1945年末。1945年12月，中国共产党在永吉县岔路河召开了吉林省人民代表会议，宣布成立吉林省政府；省政府下设教育厅，其内设机构包括秘书科、中等教育科、国民教育科、民族教育科和社会教育科等，负责组织管理和开展全省解放区的教育工作。省教育厅成立后，制定了教育方针、学制和课程标准等重大政策，开办各种干部教育学校和短训班，培养了大批军政干部。改革
1950年3月30日，经东北人民政府批准，吉林省教育厅改为吉林省文教厅；1953年5月4日， 吉林省人民政府决定撤消文教厅，分别设立省教育厅和省文化局。
1965年1月13日，经省人委转国务院批复，成立吉林省高等教育局，与省教育厅合署办公。省高教局内设办公室、高等教育处、半工半读教育处，行政编制21人，直属单位为吉林省函授学院；省教育厅内设办公室、人事处、普通教育处、半工半读教育处、工农业余教育处、计划财务处，另有直属单位《 吉林教育》编辑部、 吉林教育学院、教学仪器供应社等。
1966年，“文化大革命”正式爆发，教育行政部门长期处于瘫痪或半瘫痪状态。1968年3月，吉林省成立革命委员会，下设教育组管理全省的教育工作，内设办事组、大学组、中小学组；1972年4月，成立吉林省教育局，设有领导小组，由军代表任组长，局内设有秘书处、 政治工作处、高等教育处、普通教育处、计划财务处等。
1980年9月，吉林省委、省政府决定撤销省教育局，决定成立省教育厅，厅内设机关党委、党总支部、办公室、人事处、计划财务处、高等教育处、普通教育处、学生处、工农教育处、民族教育处、中等教育结构改革办公室、纪检组。
1985年，吉林省委、省政府撤销省教育厅和省高教局，决定设立吉林省教育委员会。新成立的省教委内设机构为办公室（含外事办公室、后勤办公室）、人事处（含评定职称办公室）、计划财务处、初等教育处、中等教育处、师范教育处、职业教育处、中专处、大学处、政教处、学生处、体育卫生处、工农教育处、成人教育处、民族教育处、督导室、机关党委办公室，另有省 纪律检查委员会派驻的纪律检查组。为加强领导，1990年3月，省委决定成立中共吉林省委高等学校工作委员会（简称省高校工委）。省高校工委是省委的派出机构，其内设部门为办公室、组织部、宣传部、党建部、高校纪工委。
2000年，吉林省人民政府做出决定，将原吉林省教育委员会更名为吉林省教育厅，主管全省教育事业和语言文字工作；中共吉林省高等学校工作委员会与省教育厅合署办公。新组建的省教育厅(省高校工委)设置19个职能处(室)，即办公室、政策法规处、发展规划处、人事处、高校干部处(高校工委组织部)、财务审计处、基础教育处、职业与成人教育处、高等教育处、民族教育处、师范教育处(省语言文字工作委员会办公室)、教育督导团办公室、高校思想政治工作处(高校工委宣传部)、高校学生处、科研产业处(省学位委员会办公室)、体育卫生艺术教育处、外事处、老干部处等，吉林省人民政府教育督导室更名为吉林省人民政府教育督导团。
名称：吉林省教育厅
地址：长春市人民大街1485号
邮编：130051
省教育厅（省高校工委）机关行政编制108名，其中：厅长（省高校工委书记）1名、副厅长4名，省高校工委专职副书记（兼副厅长）1名。处级领导职数 44名（含督学2名、直属机关党委专职副书记1名、组织员1名）。机关工勤人员事业编制12名。
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